Una delle missioni aperte dopo la chiusura della Cina è quella in Madagascar. Il territorio affidato alla Provincia fu la zona meridionale che ha in Ihosy il suo centro.

I confratelli iniziarono a partire per il Madagascar nel 1962 ed un poco alla volta la Provincia è arrivata ad avere 21 confratelli impegnati in questa missione. Dopo pochi anni di permanenza dei confratelli si diede origine alla nuova diocesi di Ihosy. Il primo vescovo fu padre Luigi Dusio (1967), che purtroppo non ebbe la possibilità di espletare pienamente il suo ministero episcopale, essendo morto solo tre anni dopo l’ordinazione episcopale (1970). Questa morte fece da spartiacque circa il modo di gestire la missione. Infatti, a partire dalla successione a monsignor Dusio, si iniziò a pensare che la missione avrebbe dovuto essere consegnata al clero locale. I confratelli perciò lavorarono molto per rendere la missione autonoma, curando il seminario per avere clero malgascio. Nel frattempo si fece strada pure il progetto di rendere autonoma anche la congregazione con la costituzione della Provincia del Madagascar. Questo processo, a distanza di oltre quarant’anni, si è concluso. La diocesi è completamente indipendente con il proprio clero ed anche la Congregazione della Missione è diventata provincia autonoma.

Restano nella missione ancora undici confratelli della Provincia di Torino, giuridicamente inseriti nella Provincia CM del Madagascar. Essi hanno deciso, con il loro carico di anni e di esperienza missionaria, di assumersi le zone più impervie ed abbandonate della diocesi di Ihosy, lasciando ai confratelli e al clero diocesano autoctoni le parrocchie pastoralmente più consolidate. Fra i confratelli ci furono parecchi che morirono in missione e sono in Madagascar sono sepolti: padre Dusio, padre Peressutti, padre Stanta, padre Elli.